در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ اعلام شده که سازمان امور مالیاتی کشور می‌تواند مالیات بر ارزش‌افزوده گروه‌هایی از مؤدیان مشمول قانون مالیات بر ارزش‌افزوده را تعیین کند.

بر این اساس مقررات این بند در خصوص دوره‌هایی که مالیات آنها قطعی نشده است به‌صورت جاری خواهد بود و ضریب ارزش‌افزوده هر فعالیت با پیشنهاد سازمان امور مالیاتی به تأیید وزیر امور دارایی و اقتصادی می‌رسد. همچنین محل اخذ مالیات و عوارض ارزش‌افزوده واحدهای تولیدی محل استقرار واحدهای تولیدی است.

بر این اساس، عوارض ارزش‌افزوده طبق قانون برنامه ششم توسعه در شهرستان تهران به نسبت ۸۸ درصد در نقطه شهر تهران و ۱۲ درصد در نقاط روستایی و عشایری تهران توزیع می‌شود.

در بخش دیگری از لایحه بودجه ۱۳۹۹ آورده شده که در معاملات پیمانکاری که کارفرما یکی از دستگاه‌های اجرایی قانون مدیریت خدمات کشوری است، کارفرما موظف است هم‌زمان با هر پرداخت مالیات بر ارزش‌افزوده متناسب با آن را به پیمانکار پرداخت کند و تا زمانی که کارفرما مالیات بر ارزش‌افزوده را به پیمانکار پرداخت نکرده باشد سازمان امور مالیاتی کشور حق مطالبه آن را از پیمانکار یا اخذ جریمه دیرکرد از وی نخواهد داشت.

در مواردی که بدهی کارفرما به پیمانکار به‌صورت اسناد خزانه اسلامی پرداخت می‌شود، در صورت درخواست پیمانکار، کارفرما موظف است این اوراق را عیناً به سازمان امور مالیاتی کشور تحویل دهد. سازمان امور مالیاتی نیز معادل مبلغ اسمی اوراق تحویلی را از بدهی مالیاتی پیمانکار کسر می‌کند و اسناد مربوطه را به خزانه‌داری کل کشور باید ارائه کند. خزانه‌داری کل کشور نیز موظف است معادل مبلغ اسمی اسناد خزانه تحویلی را به‌عنوان وصولی مالیات منظور کند.